Theo đó, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính thu số tiền sử dụng vốn mà Công ty Thái Sơn phải nộp từ năm 1996 đến năm 2004, nhưng đến nay vẫn chưa nộp hơn 1.350 USD; hơn 8,4 tỷ đồng tiền thuế các doanh nghiệp phải nộp; đồng thời rà soát lại doanh thu, thu nhập chịu thuế, phương pháp chuyển lỗ đối với doanh thu thu tiền trước nhiều năm và thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của Loteco.

Đối với số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 36,8 tỷ đồng do Bộ Tài chính ban hành Công văn số 7250, Tổng cục Thuế đã ban hành văn bản khắc phục những bất cập tại Thông tư số 130, Thanh tra Chính phủ không kiến nghị thu hồi.

Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục Thuế chỉ đạo Cục Thuế bốn tỉnh, thành phố đôn đốc thu đối với các trường hợp truy thu nêu trên, đồng thời xử lý phạt chậm nộp và phạt hành chính theo quy định của Luật Quản lý Thuế; theo dõi, quản lý thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn đối với các doanh nghiệp hơn 19,7 tỷ đồng, số lỗ tăng thêm tại Công ty trách nhiệm hữu hạn Katolec Việt Nam Hà Nội hơn 21,2 tỷ đồng…

Theo kết luận thanh tra, khu chế xuất và các doanh nghiệp chế xuất đã huy động được lượng vốn đầu tư lớn của nước ngoài, tạo ra một hệ thống kết cấu hạ tầng tương đối đồng bộ, có giá trị lâu dài, đóng góp vào sự tăng trưởng sản xuất công nghiệp, nâng cao giá trị xuất khẩu và sức cạnh tranh của nền kinh tế; góp phần quan trọng trong việc giải quyết việc làm, đào tạo nguồn nhân lực, nâng cao thu nhập, đời sống và trình độ của người lao động…

Tuy nhiên, bên cạnh đó còn một số khuyết điểm, vi phạm như cơ quan thuế và cơ quan hải quan còn lỏng lẻo trong việc xác định căn cứ về giá trị tính thuế dẫn đến không thể xác minh tại nước ngoài đối với dữ liệu, trong đó có doanh nghiệp chế xuất; Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế có nhiều bất cập trong hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập khác.

Việc xác định giá thị trường trong giao dịch liên kết để chặn tình trạng chuyển giá đã được Bộ Tài chính ban hành tại Thông tư 117/2005, Thông tư 66/2010 và cơ quan thuế tích cực xử lý, nhưng Thanh tra Chính phủ cho rằng kết quả còn hạn chế do không thể xác minh tại nước ngoài đối với dữ liệu, thông tin về dấu hiệu chuyển giá của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, trong đó có doanh nghiệp chế xuất.

Mặt khác, sự phối hợp giữa cơ quan thuế và cơ quan hải quan còn lỏng lẻo trong xác định căn cứ về giá trị thuế.

Thanh tra Chính phủ còn phát hiện việc hướng dẫn chính sách thuế của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế còn nhiều bất cập. Điển hình là việc ban hành Công văn 207/2011 hướng dẫn xác định doanh thu, thu nhập chịu thuế, phương pháp chuyển lỗ và thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Công ty Loteco (Đồng Nai) là không đúng quy định; việc ban hành Công văn 2025/TCT-CS, Công văn 4578/TCT-CS, Công văn 2106/TCT-CS thiếu thống nhất và tạo sự bất bình đẳng giữa các doanh nghiệp khi áp dụng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp.

Bên cạnh đó, cơ quan thuế, cơ quan hải quan chưa thường xuyên thanh, kiểm tra đối với các doanh nghiệp chế xuất. Trong ba năm, Cục Hải quan thành phố Hà Nội không tổ chức thanh tra, kiểm tra; năm 2009 Cục Thuế tỉnh Đồng Nai không thực hiện thanh tra, kiểm tra.

Chất lượng công tác thanh khoản của cơ quan Hải quan còn nhiều hạn chế, bất cập do khối lượng hồ sơ thanh khoản lớn; hệ thống máy tính của Hải quan chưa đáp ứng được so với yêu cầu.

Qua thanh tra, tổng số tiền thuế được xem xét, xử lý hơn 58,8 tỷ đồng; trong đó tại Thành phố Hồ Chí Minh là 38 tỷ đồng; Đồng Nai là 14,2 tỷ đồng và 1.350 USD; Bình Dương hơn 1,25 tỷ đồng và Hà Nội hơn 5,19 tỷ đồng.

Theo báo cáo của cơ quan thuế, sau khi có Biên bản thanh tra, các doanh nghiệp đã tự giác nộp hơn 5,4 tỷ đồng; Công ty trách nhiệm hữu hạn Việt Nam ONAMBA Bình Dương đã tiêu hủy nguyên phụ liệu, hàng hóa với tổng số tiền hơn 115.000 USD nhưng không khai báo, cơ quan Hải quan đã truy thu thuế hơn 686 triệu đồng tiền phạt một lần thuế.

Từ những sai phạm trên, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan liên quan nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung cơ chế, chính sách , pháp luật về thương mại còn nhiều bất cập; giao cho Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan nghiên cứu sửa đổi, bổ sung cơ chế, chính sách để phát hiện và xử lý hành vi chuyển giá của doanh nghiệp chế xuất gia công hàng xuất khẩu nói riêng, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài nói chung trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, xử lý…

Bộ Tài chính tăng cường chỉ đạo công tác thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp chế xuất; kiểm điểm trách nhiệm và xử lý đối với Tổng cục Thuế về việc ban hành Công văn số 207/TCT- KTNB không đúng với quy định tại Thông tư số 128 của Bộ Tài chính, mâu thuẫn với Công văn số 1720/TCT- TTra của Tổng cục Thuế; kiểm điểm trách nhiệm và xử lý việc hướng dẫn chính sách thuế và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập khác; kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền đối với sai phạm, khuyết điểm được chỉ ra qua thanh tra.