Theo Kết luận thanh tra, khu chế xuất và các doanh nghiệp chế xuất đã huy động được lượng vốn đầu tư lớn của nước ngoài, tạo ra một hệ thống kết cấu hạ tầng tương đối đồng bộ, có giá trị lâu dài, đóng góp vào sự tăng trưởng sản xuất công nghiệp, nâng cao giá trị xuất khẩu và sức cạnh tranh của nền kinh tế; góp phần quan trọng trong việc giải quyết việc làm, đào tạo nguồn nhân lực, nâng cao thu nhập, đời sống và trình độ của người lao động…

Tuy nhiên, bên cạnh đó còn một số khuyết điểm, vi phạm như cơ quan thuế và cơ quan hải quan còn lỏng lẻo trong việc xác định căn cứ về giá trị tính thuế dẫn đến không thể xác minh tại nước ngoài đối với dữ liệu, trong đó có doanh nghiệp chế xuất; Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế có nhiều bất cập trong hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập khác.

Chưa hết, cơ quan thuế, cơ quan hải quan chưa thường xuyên thanh, kiểm tra đối với các doanh nghiệp chế xuất. Trong 3 năm, Cục Hải quan TP Hà Nội không tổ chức thanh tra, kiểm tra; năm 2009, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai không thực hiện thanh tra, kiểm tra. Chất lượng công tác thanh khoản của cơ quan Hải quan còn nhiều hạn chế, bất cập do khối lượng hồ sơ thanh khoản lớn; hệ thống máy tính của Hải quan chưa đáp ứng được so với yêu cầu.

Qua thanh tra, tổng số tiền thuế được xem xét, xử lý hơn 58,8 tỷ đồng. Cụ thể, tại TP Hồ Chí Minh là 38 tỷ đồng; Đồng Nai là 14,2 tỷ đồng và 1,35 nghìn USD; Bình Dương hơn 1,25 tỷ đồng và Hà Nội hơn 5,19 tỷ đồng.

Theo báo cáo của cơ quan thuế, sau khi có Biên bản thanh tra, các doanh nghiệp đã tự giác nộp hơn 5,4 tỷ đồng; Cty TNHH Việt Nam ONAMBA Bình Dương đã tiêu hủy nguyên phụ liệu, hàng hóa với tổng số tiền hơn 115 nghìn USD nhưng không khai báo, cơ quan Hải quan đã truy thu thuế hơn 686 triệu đồng tiền phạt 1 lần thuế.

Từ những sai phạm trên, Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Công thương chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan có liên quan nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung cơ chế, chính sách pháp luật về thương mại còn nhiều bất cập; Giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan nghiên cứu sửa đổi, bổ sung cơ chế, chính sách để phát hiện và xử lý hành vi chuyển giá của doanh nghiệp chế xuất gia công hàng xuất khẩu nói riêng, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài nói chung trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, xử lý…

Bộ Tài chính tăng cường chỉ đạo công tác thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp chế xuất; kiểm điểm trách nhiệm và xử lý đối với Tổng cục Thuế về việc ban hành Công văn số 207/TCT- KTNB không đúng với quy định tại Thông tư số 128 của Bộ Tài chính, mâu thuẫn với Công văn số 1720/TCT- TTra của Tổng cục Thuế; kiểm điểm trách nhiệm và xử lý việc hướng dẫn chính sách thuế và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập khác; kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo thẩm quyền đối với sai phạm, khuyết điểm được chỉ ra qua thanh tra.

Về xử lý kinh tế, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính thu số tiền sử dụng vốn mà Công ty Thái Sơn phải nộp từ năm 1996 đến năm 2004 nhưng đến nay vẫn chưa nộp hơn 1,35 nghìn USD; hơn 8,4 tỷ đồng tiền thuế các doanh nghiệp phải nộp. Đồng thời, rà soát lại doanh thu, thu nhập chịu thuế, phương pháp chuyển lỗ đối với doanh thu thu tiền trước nhiều năm và thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của Loteco.

Đối với số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 36,8 tỷ đồng do Bộ Tài chính ban hành Công văn số 7250, Tổng cục Thuế đã ban hành văn bản khắc phục những bất cập tại Thông tư số 130, Thanh tra Chính phủ không kiến nghị thu hồi.

Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục Thuế chỉ đạo Cục Thuế 4 tỉnh, thành phố đôn đốc thu đối với các trường hợp truy thu đối với các trường hợp nêu trên đồng thời xử lý phạt chậm nộp và phạt hành chính theo quy định của Luật Quản lý Thuế; theo dõi, quản lý thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn đối với các doanh nghiệp hơn 19,7 tỷ đồng, số lỗ tăng thêm tại Cty TNHH Katolec Việt Nam Hà Nội hơn 21,2 tỷ đồng…  

Phương Hiếu