Kết luận thanh tra cho thấy, trong công tác quản lý Nhà nước về khoáng sản, Bộ TN&MT đạt được nhiều kết quả và được TTCP  đánh giá cao, như: Hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về khai thác khoáng sản, cấp giấy phép, điều tra, đánh giá trữ lượng khoáng sản, đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra... Việc tăng cường chế tài xử lý đối với các hoạt động cấp phép và khai thác khoáng sản; đẩy mạnh công tác phối hợp với các bộ, ban, ngành và các đơn vị liên quan được triển khai có hiệu quả nhằm nâng cao hơn nữa công tác quản lý Nhà nước về khoáng sản, làm tốt công tác khai thác khoáng sản gắn liền với phát triển kinh tế - xã hội và bảo vệ môi trường.

Tuy nhiên, tiến độ ban hành văn bản quy phạm pháp luật, chất lượng nội dung một số văn bản của Bộ TN&MT còn hạn chế, chưa rõ ràng và đồng bộ, đặc biệt là chưa phù hợp với Luật Khoáng sản hiện hành.

Bên cạnh đó, hoạt động khoanh định và công bố các khu vực có khoáng sản phân tán, nhỏ lẻ còn chậm, ảnh hưởng đến hoạt động cấp phép, nguồn thu tiền cấp quyền, phát triển kinh tế - xã hội. Chưa thực hiện tốt trong công tác hướng dẫn một số địa phương về khoanh định các khu vực có khoáng sản phân tán, nhỏ lẻ. Chưa kịp thời ban hành Thông tư hướng dẫn theo thẩm quyền và trách nhiệm được giao về bảo vệ khoáng sản chưa khai thác. Thực trạng khai thác khoáng sản trái phép còn diễn ra khá phổ biến trên nhiều tỉnh, thành phố với nhiều loại khoáng sản khác nhau.

Việc tổ chức thực hiện nhiệm vụ quy hoạch theo phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ tại Quyết định số 116/2007/QĐ-TTg còn hạn chế, trong đó có nguyên nhân thiếu vốn, phân bổ ngân sách chưa phù hợp dẫn đến tỷ lệ công việc hoàn thành so với nhiệm vụ điều tra cơ bản được giao chiếm tỷ lệ thấp (chỉ đạt 35% khối lượng công việc) làm ảnh hưởng đến việc cập nhật, bổ sung, sử dụng kết quả điều tra.

Ngoài ra, việc xác định, tính tiền hoàn trả chi phí thăm dò khoáng sản chậm, do Thông tư liên tịch số 186/2009/TTLT-BTNMT hướng dẫn thiếu cơ sở thực hiện, thiếu khả thi. Thông tư chưa quy định rõ trách nhiệm và chưa phù hợp với quy định của Luật khoáng sản hiện hành. Bên cạnh đó, hồ sơ xác định, tính chi phí hoàn trả phức tạp, gặp nhiều khó khăn, vướng mắc mà Thông tư chưa lường hết cũng như chưa thể giải quyết. Chưa thực hiện đầy đủ quy định của pháp luật về việc nộp tiền thăm dò khoáng sản trước khi cấp phép cho 53 giấy phép khai thác mỏ sau khi Thông tư 186 đã có hiệu lực.

Bộ TN&MT thực hiện cấp phép chưa theo quy trình quản lý chất lượng, dẫn đến việc quản lý hoạt động khoáng sản một số trường hợp còn thiếu minh bạch, chưa theo dõi chặt chẽ, đôn đốc, xử lý kịp thời đối với các tổ chức, cá nhân khai thác khoáng sản khi giấy phép hết hạn. Đặc biệt, cấp phép khi không có hoặc trước khi có quyết định phê duyệt bổ sung, điều chỉnh quy hoạch và chưa thực hiện cấp lại giấy phép cho 16 khu vực đã cấp phép khai thác khoáng sản trước Luật Khoáng sản năm 1996, thuộc diện phải cấp lại theo quy định của Luật Khoáng sản hiện hành.

Đối với công tác thanh tra, kiểm tra, TTCP chỉ rõ, Bộ TN&MT chưa phát hiện để sửa đổi bất cập, sai sót trong mẫu giấy phép dẫn đến thiếu cơ sở cấp giấy phép sử dụng vật liệu nổ công nghiệp trong hoạt động khoáng sản, tăng thủ tục hành chính, giảm hiệu lực, hiệu quả quản lý Nhà nước. Chưa xử lý triệt để đối với các giấy phép khai thác khoáng sản đã hết hạn, giấy phép khai thác không còn phù hợp và giấy phép phải thu hồi để đảm bảo việc hoạt động khoáng sản đúng quy định, quản lý tốt tài nguyên khoáng sản, sản lượng khai thác và các vấn đề bảo vệ môi trường trong hoạt động khoáng sản. Bộ TN&MT chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm trong việc phát hiện kịp thời xử lý, đề xuất xử lý đối với  các vi phạm, tồn tại về quản lý, sử dụng đất trong hoạt động khoáng sản. Đồng thời, chưa có chỉ đạo, phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế địa phương để quản lý sản lượng khai thác, chống thất thu thuế...

Với vai trò là Thường trực Hội đồng Đánh giá trữ lượng khoáng sản quốc gia nhưng công tác thẩm định, phê duyệt trữ lượng mỏ cho một số đơn vị của Bộ TN&MT còn chậm. Cơ chế hoạt động của Hội đồng Đánh giá trữ lượng khoáng sản quốc gia theo quy định còn bất cập giữa trách nhiệm thẩm định của Hội đồng và trách nhiệm cam kết về kết quả thăm dò theo báo cáo của doanh nghiệp trong khi không thể kiểm tra, giám sát trong quá trình thực hiện thăm dò đã dẫn đến một số kết quả thẩm định, phê duyệt trữ lượng còn chưa sát với thực tế, ảnh hưởng đến hoạt động đầu tư của doanh nghiệp, cho vay của ngân hàng...

Từ những tồn tại trên, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ TN&MT thực hiện và chỉ đạo thực hiện việc kiểm điểm và tổ chức kiểm điểm, rút kinh nghiệm, xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có liên quan trong quá trình xây dựng, ban hành văn bản quy phạm pháp luật và trong việc phân giao nhiệm vụ xác định, tính tiền điều tra thăm dò...

Bộ TN&MT cần tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra trách nhiệm việc chấp hành các quy định của pháp luật trong quản lý khoáng sản đối với các sở, ban ngành có liên quan theo thẩm quyền. Đồng thời, đôn đốc các bộ, ngành, địa phương thực hiện theo thẩm quyền việc lập, trình phê duyệt quy hoạch khoáng sản, khoanh định các khu vực khoáng sản phân tán nhỏ lẻ, các khu vực cấm, tạm thời cấm, khu vực dự trữ quốc gia... đảm bảo đủ, đúng nội dung, trình tự, sớm hoàn thiện và trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt theo quy định. Bên cạnh đó, chống gian lận trong tính thuế khoáng sản và thất thu trong tình trạng khai thác khoáng sản và chỉ đạo thực hiện nhanh cấp giấy phép hoạt động khai thác khoáng sản, kiên quyết thu hồi đối với các trường hợp vi phạm.

Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã đồng ý với kết luận, kiến nghị của Thanh tra Chính phủ và chỉ đạo cụ thể các nội dung cần thực hiện sau thanh tra tại Văn bản số 1320/VPCP-V.I ngày 25/2/2015 của Văn phòng Chính phủ.

Đại diện Bộ TN&MT, Thứ trưởng Trần Hồng Hà đánh giá cao kết quả báo cáo của TTCP và khẳng định sẽ giao các đơn vị trực thuộc triển khai thực hiện các kết luận và báo cáo Thủ tướng Chính phủ vào tháng 5/2015.

Ngọc Diệp