Theo Kết luận số 1097/KLKT của Sở GD&ĐT Ninh Thuận, 7 trường xảy ra nhiều hạn chế trong công tác quản lý, thực hiện chuyên môn như: THPT Trường Chinh; Liên cấp Hoa Sen; THCS Hoàng Hoa Thám; THCS Đông Hải; THCS Lê Quý Đôn; THCS Hùng Vương; THCS Quang Trung.
Đặc biệt, có Trường Tư thục Liên cấp Hoa Sen (năm học 2020-2021 cấp trung học có 7 khối lớp từ lớp 6 đến lớp 12) còn nhiều hạn chế như: Chưa thành lập các tổ chuyên môn để thực hiện sinh hoạt chuyên môn theo yêu cầu tại Thông tư 32/2020/TT - Bộ GD&ĐT về việc Ban hành Điều lệ Trường THCS, THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học.
Việc thực hiện kế hoạch giáo dục các môn học Vật lý, Hóa học, Sinh học và Công nghệ từ lớp 6 đến lớp 12 chưa đảm bảo đối với các bài thí nghiệm thực hành. Bởi vì nhà trường chưa trang bị phòng thí nghiệm và thiết bị thực hành tối thiểu môn Vật lý, Công nghệ, Hóa học, Sinh học nên suốt nhiều năm qua thầy và trò trường này phải “dạy chay, học chay”.
Kết luận số 1097/KLKT còn thông tin, Trường Liên cấp Hoa Sen chưa xây dựng kế hoạch giáo dục môn Tin học và không tổ chức dạy học môn Tin học lớp 12 trong năm học 2020-2021 là không đúng với việc thực hiện khung chương trình giáo dục phổ thông hiện hành. Bố trí giáo viên chưa đúng chuyên môn để giảng dạy môn Công nghệ. Hướng dẫn thực hiện giữa kế hoạch giáo dục môn học và kế hoạch bài dạy của giáo viên chưa logic nhau.
Không có phần hướng dẫn thực hiện môn học lớp 6, 9, 12 chưa đúng theo quy định của Bộ GD&ĐT, Sở GD&ĐT ở cấp trung học môn Địa lý. Tổ chuyên môn chưa thực hiện sinh hoạt chuyên môn theo hướng nghiên cứu bài học, chưa có những văn bản triển khai thực hiện các chuyên đề thảo luận, thống nhất thực hiện trong đơn vị và chưa thực hiện đúng quy định ra đề kiểm tra môn Vật lý…
Tại Trường THCS Quang Trung, Sở GD&ĐT tỉnh Ninh Thuận phát hiện đội ngũ giáo viên thừa, thiếu cục bộ (trường chỉ có 10 lớp nhưng thừa đến 2 giáo viên tiếng Anh, 1 giáo viên Lịch sử, thiếu 1 giáo viên Toán và 1 giáo viên Ngữ văn) dẫn đến việc phân công giảng dạy không đúng chuyên môn được đào tạo đó là giáo viên Lịch sử dạy Công nghệ và Mỹ thuật.
Một số trường bố trí giáo viên chưa đúng chuyên môn để giảng dạy môn Công nghệ như Trường THCS Quang Trung, Hùng Vương, Liên cấp Hoa Sen. Kế hoạch bài dạy của một số giáo viên còn sao chép lẫn nhau hoặc các bài, chủ đề giống nhau về mục phẩm chất năng lực cần hướng tới và chưa có định được năng lực riêng đặc thù bộ môn học sinh cần đạt được. Kế hoạch bài dạy chưa cập nhật hướng dẫn đổi mới hiện nay của Sở.
Chưa thực hiện đúng quy định ra đề kiểm tra; giáo viên chưa đánh giá quá trình học tập của học sinh, hoặc đánh giá theo mặc định, chưa đổi mới phương pháp kiểm tra, đánh giá…
Sau khi Kết luận số 1097/KLKT được ban hành, Trường Liên cấp Hoa Sen đã có văn bản gửi Sở GD&ĐT tỉnh Ninh Thuận để “giải thích” vì sao nhiều năm qua thầy và trò phải “dạy chay, học chay” như: “Trường đã có bố trí 2 phòng dành cho các bài thí nghiệm và thực hành. Tuy nhiên tại thời điểm này nhà trường đang bố trí, sắp xếp lại một số phòng học bộ môn để phù hợp với quy mô phát triển lớp học… nên các thiết bị thí nghiệm và thực hành của trường không để tập trung mà chuyển giao cho giáo viên bô môn liên quan mượn để sử dụng trong các tiết dạy. Ngoài ra, để đáp ứng nhu cầu dạy học các bài thí nghiệm, thực hành, bộ phận chuyên môn của trường đã thống nhất với các giáo viên thỉnh giảng, ngoài các thiết bị hiện có của trường, để tiết học học phong phú, phù hợp với thiết kế bài giảng của mình, giáo viên có thể tự làm hoặc tạm mượn thiết bị của trường đang công tác để phục vụ các tiết dạy học thí nghiệm, thực hành (thỉnh giảng) tại trường …”.