DA được Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi phê duyệt vào tháng 4/2014, với tổng mức đầu tư là 1.503,7 tỷ đồng. Trong đó, giai đoạn 1 có vốn đầu tư hơn 1.113 tỷ đồng, thực hiện từ năm 2014 - 2016 và giai đoạn 2 đầu tư hơn 390 tỷ đồng, thực hiện từ năm 2016 - 2018.
DA chính thức được khởi công vào tháng 5/2015, với mục tiêu là phục vụ cho quá trình đầu tư, xây dựng và phát triển KKTDQ; xây dựng và phát triển công nghiệp lọc hoá dầu, hoá chất; các ngành công nghiệp nặng… Dù UBND tỉnh cho phép điều chỉnh thời gian hoàn thành giai đoạn 1 đến năm 2020, mà DA không thể hoàn thành; còn giai đoạn 2 hầu như chưa đả động gì.
Thanh tra tỉnh Quảng Ngãi đã có kết luận thanh tra chỉ ra nhiều tồn tại như: DA phê duyệt nhưng không cân đối vốn triển khai được, phải dừng thực hiện trong 5 năm; công tác lập dự toán tính toán sai khối lượng, dẫn đến làm tăng giá trị dự toán với số tiền hơn 1,16 tỷ đồng. Trách nhiệm này thuộc về chủ đầu tư, Ban Quản lý (BQL) DA và các nhà thầu tư vấn.
BQL DA đã nghiệm thu thanh toán tăng khối lượng bê tông mác 200 của hạng mục gia cố mái taluy là 136 triệu đồng. Tính tăng khối lượng với số tiền 130 triệu đồng, dẫn đến làm tăng giá trị hợp đồng đã ký kết.
BQL DA còn chưa kiểm tra, đánh giá việc tạm ứng, dẫn đến dư nợ tạm ứng gần 8 tỷ đồng chưa thu hồi. Trong đó, Công ty Cổ phần Xây dựng giao thông Quảng Ngãi còn hơn 2,3 tỷ đồng; Công ty Cổ phần Cơ khí và xây lắp An Ngãi 1,46 tỷ đồng.
Thanh tra tỉnh Quảng Ngãi cũng đã chỉ ra hàng loạt nguyên nhân DA chậm tiến độ, chủ yếu là do sai sót, vi phạm. Cụ thể:
Một số nội dung xử lý kỹ thuật nền đất yếu tại nhiều hạng mục như: Km 00+00 - Km 1+00 xuất hiện nền đất yếu từ năm 2019, cho đến nay vẫn chưa có giải pháp xử lý. Việc bổ sung cống thoát nước cho khu vực bên trái tuyến Ngã 6 vẫn chưa trình thủ tục pháp lý để thi công…
Thiết kế dự toán còn mắc nhiều sai sót phải điều chỉnh nhiều lần. Do khâu giải phóng mặt bằng chưa dứt điểm nên trên nhiều đoạn tuyến xen kẽ nhà thầu thi công cầm chừng; có nhà thầu yếu về năng lực, phương tiện thi công. Trong khi đó, chủ đầu tư và BQL DA chưa chỉ đạo quyết liệt, đôn đốc nhà thầu tập trung nhân lực, vật lực khắc phục khó khăn để thi công sớm hoàn thành DA; có biểu hiện thiếu trách nhiệm trong thực thi công vụ của một số cán bộ, công chức có thẩm quyền.
Vệc chấp hành các quy định pháp luật về đất đai còn nhiều bất cập, nhất là công tác thu hồi đất, lập phương án bồi thường giải phóng mặt bằng.
DA được UBND tỉnh phê duyệt chi phí đền bù giải phóng mặt bằng với số tiền 141,4 tỷ đồng, đến nay UBND huyện Bình Sơn phê duyệt 55 phương án bồi thường, hỗ trợ tái định cư với tổng số tiền 175,3 tỷ đồng, vượt 33,8 tỷ đồng nhưng chưa làm thủ tục điều chỉnh cơ cấu dự toán; chưa thực hiện đầy đủ thủ tục thanh toán và thu hồi tạm ứng với số tiền hơn 7,8 tỷ đồng.
DA có 1.351 hộ dân và 16 tổ chức bị ảnh hưởng đất đai. Phần lớn các hộ đã tháo dỡ bàn giao mặt bằng nhưng còn 6 hộ dân chưa chịu bàn giao mặt bằng và 2 hộ đã bàn giao nhưng tiếp tục cản trở thi công, mà vẫn chưa có biện pháp xử lý dứt đểm.
Ngoài ra, qua thanh tra cho thấy, chủ đầu tư không lập dự toán khoản tiền bảo vệ và phát triển đất lúa đối với phần diện tích đất lúa bị ảnh hưởng khi thu hồi để trình phê duyệt chung trong mức đầu tư DA. Việc phối hợp trong thủ tục thực hiện chuyển đổi mục đích sử dụng đất lúa còn chậm, nhiều thiếu sót.
Trong quá trình thanh tra, Chánh Thanh tra tỉnh đã ra quyết định thu nộp ngân sách 136 triệu đồng đã nghiệm thu thanh toán vượt khối lượng.
Chủ tịch UBND tỉnh Đặng Văn Minh đã yêu cầu Trưởng BQL KKTDQ&CKCN tỉnh chỉ đạo BQL DA không nghiệm thu, thanh toán, quyết toán công trình với số tiền 130 triệu đồng của khối lượng công việc lắp đặt dải phân cách, bê tông gia cố mái ta luy.
Ông Đặng Văn Minh còn yêu cầu các đơn vị liên quan khẩn trương khắc phục những tồn tại theo kết luận thanh tra. Đồng thời, yêu cầu BQL KKTDQ&CKCN tỉnh lập thủ tục, hồ sơ, trình UBND tỉnh xem xét việc đề xuất phương án xử lý lún nền đường; điều chỉnh, bổ sung thiết kế, tổng dự toán và cơ cấu tổng mức đầu tư của DA...
Trưởng BQL KKTDQ&CKCN tỉnh, Chủ tịch UBND huyện Bình Sơn tổ chức kiểm điểm trách nhiệm đối với những tồn tại, sai phạm đã được phát hiện.
Giám đốc Sở Nội vụ Quảng Ngãi theo dõi, tổng hợp kết quả kiểm điểm của các cơ quan liên quan đến sai sót, vi phạm trong kết luận thanh tra để tham mưu UBND tỉnh xem xét, xử lý đúng quy định; hoặc kiến nghị cấp thẩm quyền xem xét theo đúng quy định của Đảng và pháp luật Nhà nước.