Diện tích 31.332,8m2 đất do Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà sử dụng có nguồn gốc là đất làm lò sản xuất gạch thủ công do UBND xã Ninh Sở quản lý, nằm ngoài bãi sông Hồng.
Năm 2008, UBND tỉnh Hà Tây (cũ) cho Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà thuê đất để thực hiện Dự án Nhà máy Chế tạo thiết bị tự động và cơ khí thủy lực, trong đó: Diện tích giao công ty thuê để xây dựng nhà máy 26.816,35m2; diện tích thuộc hành lang giao thông 4.516,45m2. Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Hà Tây đã ký hợp đồng cho thuê đất, thời hạn thuê đến ngày 19/5/2058.
Từ tháng 8/2008, Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà không nộp tiền sử dụng đất, vi phạm Khoản 3, Điều 107 Luật Đất đai năm 2003 và khoản 3, Điều 170 Luật Đất đai năm 2013.
Từ năm 2010 đến năm 2017, công ty xây dựng 15 nhà xưởng, diện tích khoảng 16.000m2 và 1 khu nhà điều hành, diện tích khoảng 350m2 tại K85+700, đê Hữu Hồng, nằm trong hành lang thoát lũ nhưng chưa được UBND thành phố cấp phép xây dựng, vi phạm điểm c, Khoản 1, Điều 25 Luật Đê điều năm 2006.
Về công tác xử lý vi phạm, Hạt Quản lý đê Thường Tín có Văn bản số 01/TB-HQLĐ ngày 6/8/2010, số 02/TB-HQLĐ ngày 5/10/2010 đề nghị Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà cung cấp giấy phép xây dựng công trình tại K85+700 phía sông và đề nghị UBND xã Ninh Sở kiểm tra khi công ty xây dựng phải tuân thủ Luật Đê điều.
Ngày 6/12/2010, Hạt Quản lý đê Thường Tín có Văn bản số 27/BC-HQLĐ báo cáo UBND huyện Thường Tín về việc Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà xây dựng công trình khi chưa có giấy phép xây dựng của cơ quan có thẩm quyền và đề nghị chỉ đạo các phòng chức năng kiểm tra, đôn đốc, ngăn chặn, xử lý.
Hạt Quản lý đê Thường Tín phối hợp với UBND xã Ninh Sở lập 9 biên bản với Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà, ban hành quyết định tạm đình chỉ hành vi vi phạm pháp luật và có văn bản gửi UBND xã Ninh Sở đề nghị xử lý vi phạm của Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà.
Trong khi đó, từ năm 2010 đến trước ngày 4/8/2016, Thanh tra xây dựng huyện Thường Tín không có hồ sơ xử lý vi phạm trật tự xây dựng với Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà.
Từ tháng 8/2016 đến tháng 3/2017, Đội Thanh tra xây dựng huyện Thường Tín phối hợp với UBND xã Ninh Sở lập 8 biên bản, lập phiếu đề xuất gửi UBND xã đề nghị xử lý vụ việc của Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà.
Từ ngày 7/3/2017 đến năm 2020, Đội Thanh tra xây dựng huyện không có hồ sơ xử lý vi phạm trật tự xây dựng với Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà. Theo báo cáo của Sở Xây dựng, Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà chưa có giấy phép xây dựng.
Từ năm 2010 đến năm 2016, UBND xã Ninh Sở phối hợp với Hạt Quản lý đê Thường Tín và Đội Thanh tra xây dựng huyện lập các biên bản vi phạm xây dựng và ban hành Quyết định số 77/QĐ-UBND ngày 5/8/2016 đình chỉ thi công xây dựng đối với Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà.
Bên cạnh đó, UBND huyện Thường Tín có Văn bản số 484/UBND-KT ngày 19/10/2010, số 53/UBND-KT ngày 31/12/2010, số 1036/UBND-KT ngày 30/12/2016 yêu cầu UBND xã Ninh Sở phối hợp với các cơ quan chức năng, tổ chức kiểm tra, phát hiện, ngăn chặn và xử lý dứt điểm các hành vi vi phạm pháp luật về đê điều và trật tự xây dựng.
Ngày 18/5/2018, đại diện các phòng, ban chuyên môn thuộc UBND huyện và UBND xã Ninh Sở lập biên bản về việc Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà không đến làm việc theo yêu cầu của UBND huyện Thường Tín đối với việc chấp hành pháp luật về đê điều, đất đai, trật tự xây dựng.
Ngày 2/12/2016, Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão có Văn bản số 1397/CCĐĐ- ĐĐ báo cáo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và đề nghị UBND huyện Thường Tín xử lý vi phạm về đê điều của Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà.
Ngoài ra, Chi cục Đê điều và Phòng chống lụt bão có Văn bản số 1451/BC-CCĐĐ ngày 14/12/2016 và số 1487/BC-CCĐĐ ngày 26/12/2016, kiến nghị UBND huyện xử lý vi phạm pháp luật về đê điều.
Thêm vào đó, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có các văn bản đề nghị UBND huyện Thường Tín tập trung xử lý dứt điểm các trường hợp vi phạm pháp luật đê điều làm ảnh hưởng đến an toàn đê và gây cản trở dòng chảy, thoát lũ của tuyến sông.
Tuy nhiên, đến thời điểm cơ quan chức năng kiểm tra hiện trạng, diện tích đất do Công ty Cổ phần Chế tạo máy Hồng Hà đang sử dụng, vẫn tồn tại 15 nhà xưởng và 1 nhà điều hành.