Đại hội đã bầu Ban Chấp hành Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương, nhiệm kỳ 2020 - 2025 gồm 51 đồng chí. Đại hội cũng đã bầu 59 đại biểu chính thức và 4 đại biểu dự khuyết tham dự Đại hội Đại biểu toàn quốc lần thứ XIII của Đảng.
Phiên họp lần thứ nhất, Ban Chấp hành Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương đã bầu Ban Thường vụ gồm 14 đồng chí. Ông Huỳnh Tấn Việt, Phó Bí thư Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương, nhiệm kỳ 2015 - 2020 được bầu làm Bí thư Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương, nhiệm kỳ 2020 - 2025.
Ông Lại Xuân Lâm, Phó Bí thư Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương nhiệm kỳ 2015-2020 và ông Đỗ Việt Hà, Ủy viên Ban Thường vụ, Trưởng Ban Dân vận được bầu giữ chức Phó Bí thư Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương nhiệm kỳ 2020-2025.
Cũng tại Hội nghị lần thứ nhất, Ban Chấp hành đã bầu ra Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy Khối gồm 11 Ủy viên. Ông Nguyễn Thành Nam tái cử chức Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy.
Tại phiên bế mạc, các đại biểu đã thông qua Nghị quyết Đại hội Đại biểu Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương lần thứ XIII, nhiệm kỳ 2020-2025.
Đại hội tán thành những nội dung cơ bản về đánh giá kết quả 5 năm thực hiện Nghị quyết Đại hội XII Đảng bộ Khối và phương hướng, chỉ tiêu, nhiệm vụ trọng tâm, các đột phá trong nhiệm kỳ 2020-2025 nêu trong Dự thảo Báo cáo Chính trị của Ban Chấp hành Đảng bộ Khối khóa XII trình Đại hội.
Đại hội thông qua 6 chỉ tiêu với các nội dung chính: 100% đảng viên Đảng bộ Khối học tập, nghiên cứu, quán triệt sâu sắc nghị quyết và 100% Đảng bộ trực thuộc xây dựng chương trình hành động nhằm triển khai thực hiện có hiệu quả Nghị quyết Đại hội XIII của Đảng, các nghị quyết của Ban Chấp hành Trung ương và Đảng bộ Khối.
Cùng với đó là 3 đột phá về tổ chức Đảng; công tác cán bộ và quản lý đảng viên; công tác phối hợp lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị.
Đại hội cũng thông qua Báo cáo Kiểm điểm sự lãnh đạo, chỉ đạo của Ban Chấp hành Đảng bộ Khối khóa XII; Báo cáo Tổng hợp ý kiến góp ý vào dự thảo các Văn kiện trình Đại hội XIII của Đảng.
Đại hội thảo luận chương trình hành động thực hiện Nghị quyết XIII của Đảng bộ Khối.
Phát biểu bế mạc Đại hội, tân Bí thư Huỳnh Tấn Việt cho biết, trong bối cảnh sự biến đổi của tình hình thế giới, khu vực sẽ tác động trực tiếp đến sự nghiệp đổi mới ở nước ta, đồng thời cả mặt thuận và không thuận. Tiếp tục đổi mới phương thức lãnh đạo, tăng cường công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng vẫn là nhiệm vụ trước mắt và lâu dài của Đảng bộ Khối nhằm nâng cao năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu và giữ gìn sự trong sạch, vững mạnh của các tổ chức đảng. Trong đó, xây dựng Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương vững mạnh về chính trị, tư tưởng, tổ chức và đạo đức là nhiệm vụ chính trị then chốt.
“Để tiếp tục đổi mới phương thức lãnh đạo trong điều kiện mới, nhiệm kỳ 2020-2025 Đảng bộ Khối tập trung vào ba đột phá về công tác tổ chức Đảng; Công tác cán bộ và quản lý đảng viên; công tác phối hợp hợp chặt chẽ với Đảng Đoàn, Ban Cán sự Đảng, lãnh đạo các cơ quan Trung ương trong lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị. Trong đó, tập trung ưu tiên lãnh đạo công tác nghiên cứu, tham mưu và chủ động tham gia thực hiện cuộc cách mạng công nghiệp lần thứ tư theo tinh thần Nghị quyết số 52-NQ/TW của Bộ Chính trị, hình thành chiến lược, chính sách, đi tắt đón đầu phù hợp với điều kiện và con người Việt Nam”, ông Huỳnh Tấn Việt nhấn mạnh.
Đại hội đã nghe công bố phân công công tác của Bộ Chính trị, Ban Bí thư đối với ông Sơn Minh Thắng, Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương, nhiệm kỳ 2015 - 2020.
Theo đó, sau Đại hội Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương nhiệm kỳ 2020-2025, ông Sơn Minh Thắng sẽ tiếp tục theo dõi, hướng dẫn Đảng bộ Khối cho đến khi kết thúc Đại hội XIII của Đảng.